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: Patterson図によるサイトの確認 : 重原子サイトの決定および精密化 : 入力データの準備 - revise -

重原子サイトの決定 - shelxs -

  1. Experimental Phasingから Shelx - Heavy atom Search を選択する.
  2. Try to fond heavy atoms by Patterson search Input format is Shelx hkl file using intensitiesとし.
  3. HKL in...に,mtz2various の出力した ***.hkl を指定,
  4. Cell Parametersの部分を自動的に入力するために, MTZ in...に,Scaleit の出力の MTZ file を指定する.
  5. セレン原子を探すので, Search for 5 atoms of SEとかする.
  6. Shelx Patterson Search Parametersでは Try 3 superposition vectorsとかにする.
  7. ここで入力した波長の情報がスクリプトに渡されないが気にしなくて良 いようである.気になる場合は, Run, Run&View Com File として com-file の波長の情報を書き換える.

例えば,ccp4i が作成する Command Script は以下のようになる.


TITLE    SHELX format from MTZ2VARIOUS
CELL 0.9792  122.13  122.13  114.28   90.00   90.00  120.00 
! 波長の情報は入力値が shelxs に渡されないので必要なら書き換える.
ZERR    1.00    0.001   0.001   0.001   0.00   0.00   0.00
LATT -1
SYMM   -Y,   X-Y,   Z+2/3
SYMM   -X+ Y,  -X,   Z+1/3
SYMM   Y,   X,  -Z
SYMM   X-Y,  -Y,  -Z+1/3
SYMM   -X,  -X+ Y,  -Z+2/3
SFAC N SE                  ! 原子種
UNIT 200 5                 ! unit-cell 中の各原子数(SFAC に記述した順)
OMIT 0.0                   ! 全データを使用する
PATT 3                     ! superposition vector の数
HKLF 4                     ! h k l F^2 SigF^2 BN の形式のファイルを読込
END



Nobuhisa Watanabe
平成15年12月27日