「自動 automated」を謌っているだけのことはあって，非常に簡単に実行するこ とが出来る．ccp4 の mtz ファイルを直接読み込むことも出来るので，scaleit で各波長のデータをスケーリングしたデータを直接使用する． (HKL2000 の sca ファイルを読ませれば良く，なにも ccp4 のmtz ファイルを使 用しなくても良いが．．．)
とりあえず準備するのは結晶等のパラメタを記述したファイル (例えば solve.setup)とコマンドスクリプトのファイル(例えば solve.sh)である．
solve.setup は，例えば以下のようになる．
------------------------------------------------------------------------ !--------- Solve param data file for ph0054_Se BL40 MAD data OVERWRITE SYMFILE /home/sapporo/solve/lib/p3221.sym CELL 122.1299 122.1299 114.2791 90.000 90.000 120.000 RESOLUTION 50 2.6 RES_PHASE 50 3.0 ------------------------------------------------------------------------上の例のように solve 2.02 は分解能のキーワードを 2つ持っている．この例の ようにしておくと，solve は 3.0 までのデータに位相を付けるが，2.6 までのデータを出力する．(こうしておけば resolve はこの結果の solve.mtz を使用し，2.6 まで位相を拡張した後，構造のトレースを実行する．)