分子置換法 - MolRep -

ここでは MolRep を使って，分子置換法を実行してみる．MolRep は自動で Rotation function (RF)を計算してモデルのオリエンテーションを決定した のち，Cross Translation function (TF) と Packing function (PF) を 計算してモデルの位置を決定する．

1. Molecular Replacement から MolRep - auto MRを選択する．
2. Do molecular replacement performing rotation and translation function (Default) とし，
3. Mtz file，モデルの PDB file を入力する．
4. The Modelのセクションに Search for 2 molecules in the asymmetric unit のように，非対称単位中の分子数を入力する．
5. Run， Run Now．

なお， Seq in に 1文字コードで書いた一次構造のファイルをアサインし ておくと，sequence alignment を行ってミューテーションをかけたサーチモデ ルを発生させ，それを用いて分子置換を実行する．

終了したら， View Files from Job の View Log File で結果をチェックする． まず，rotation function の部分は，

             theta    phi     chi    alpha    beta   gamma      Rf    Rf/sigma
 Sol_RF  1   121.81 -165.25   48.18   91.49   40.59  241.99     331.0     12.83
 Sol_RF  2   140.87   39.00  175.66  221.80   78.20  323.80     315.2     12.22
 Sol_RF  3   146.18   27.63   71.04  266.96   37.73   31.70     119.4      4.63
 Sol_RF  4    50.04  151.80  120.53  110.15   83.46  346.56     119.2      4.62
 Sol_RF  5    71.37 -149.47   89.68  138.15   83.86  257.09     119.0      4.61
 以下略

のように表示される．解 1 と 2 が rotation function が大きい．

次に，translation function の部分は，

              alpha   beta    gamma   Xfrac  Yfrac  Zfrac Dens/sig R-fac   Corr
 Sol_TF_1  1   91.49   40.59  241.99  0.432  0.000  0.192   16.77  0.530  0.287
 Sol_TF_1  2   91.49   40.59  241.99  0.200  0.000  0.157    6.54  0.557  0.210
 Sol_TF_1  3   91.49   40.59  241.99  0.206  0.000  0.015    5.87  0.550  0.214
 Sol_TF_1  4   91.49   40.59  241.99  0.195  0.000  0.391    5.70  0.557  0.211
 Sol_TF_1  5   91.49   40.59  241.99  0.300  0.000  0.083    5.53  0.560  0.203
 Sol_TF_1  6   91.49   40.59  241.99  0.625  0.000  0.490    5.28  0.557  0.218
 Sol_TF_1  7   91.49   40.59  241.99  0.399  0.000  0.169    4.89  0.559  0.203
 Sol_TF_1  8   91.49   40.59  241.99  0.600  0.000  0.390    4.80  0.564  0.196
 Sol_TF_1  9   91.49   40.59  241.99  0.301  0.000  0.234    4.80  0.557  0.205
 Sol_TF_1 10   91.49   40.59  241.99  0.200  0.000  0.476    4.79  0.559  0.201

              alpha   beta    gamma   Xfrac  Yfrac  Zfrac Dens/sig R-fac   Corr
 Sol_TF_2  1  221.80   78.20  323.80  0.582  0.000  0.317   17.76  0.531  0.278
 Sol_TF_2  2  221.80   78.20  323.80  0.795  0.000  0.376    5.88  0.554  0.202
 Sol_TF_2  3  221.80   78.20  323.80  0.068  0.000  0.334    5.17  0.560  0.200
 Sol_TF_2  4  221.80   78.20  323.80  0.296  0.000  0.238    5.16  0.559  0.196
 Sol_TF_2  5  221.80   78.20  323.80  0.193  0.000  0.284    5.05  0.560  0.194
 以下省略

と，順に表示される．最後に，最も確からしい解(R 因子が低く，Corr が大きい 解)が

 Sol_
 Sol_Mon_1_Rf_1_Tf_1    91.49   40.59  241.99  0.432  0.000  0.192  0.530  0.287
 Sol_
 Sol_ Number of monomers in fixed model_2 :    1
 Sol_

等として表示される．

pdb file に解の座標データが出力される． この例の場合，A と a の 2分子が解として出力されており，それらの間の関係が log file の最後に

Mol_1 Mol_2 Direction_Cosine_of_Axis      Angle     Rotation  Translation
A     a     0.61      -0.00     -0.79     90.02     179.78    1.020     0.436     0.861

のように表示される．