構造精密化 - Refmac5 -

分子置換の場合，解が正しいかどうかの完璧な指標は無い．見つかった解を確認 してみるには，そのモデルを精密化してみるのが最もてっとり早い．ここでは Refmac5 で構造精密化してみる．最初は非対称単位にある分子間の NCS は固定 して精密化する．

Refmac5 の使用法の詳細は，
http://castor.sci.hokudai.ac.jp/~watanabe/Manuals/refmac5/index.htmlを参照して下さい．

1. Refinement から Run Refmac5を選択する．
2. Mtz file と分子置換で決めたモデルの座標データを設定する．
3. Non-crystallographic Symmetry で Add non-X restraint をクリックし，さらに Add chainをクリックすることで，

   
   	Restrain together chain A 
   	and a
   

   とする．
4. Run， Run Now．

精密化の結果を View Log Graphs で見る．Rfactor analysis, stats vs cycle を見て，精密化のサイクルの進行に伴って Free Rfactor が順調に下って いれば，正しい解だと考えられる(かも)．

この例の場合は，6 cycle で Free Rfactor は 46.3 % から 40.3 % (R は 37 %)に下った．