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: 結果の評価 : Resolve : Resolve

準備

sirius 等で実行するには割り当てメモリーが足りない で Segmentation fault となるので,実行する前に unlimit をやる必要がある (.cshrc 等に書いておいても良い).Linux 等で十分なメモリーがあるのに unlimit をやったら,なぜかその後 resolve_giant,resolve_huge が core dump するようになった.なぜ?

resolve.sh の例は以下のような感じである.


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#!/bin/csh
setenv CCP4_OPEN UNKNOWN
setenv SOLVETMPDIR /var/tmp
setenv SYMOP /home/muser/watanabe/resolve/lib/resolve/symop.lib
# Now run resolve:
resolve<<EOD > resolve.log
! 大きい格子では resolve_giant, resolve_huge が使用出来る.
solvent_content 0.4             ! your solvent content goes here.
resolution 20 1.8		! resolution limit.
seq_file protein.seq		! protein sequence file.
EOD
   # Now "resolve.mtz" has the output amplitudes, phases,
   # and figure of merit in columns labelled: FP PHIM FOMM
   #
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Nobuhisa Watanabe
平成16年1月7日