その後 - XtalView - ncsref

今回は以下のような手順でモデルの修正を実施した．

1. 一次構造の挿入・削除部分に注意しながら，一次構造のフラグメント情 報を ****.seq というファイルにしておき，XtalView の Auto Fit の Set Sequence で一次構造を修正した．
2. ccp4i の Refinement モジュールの NCS Phased Refinement (NCSref)で初期精密化を行なった．これは Pdbset 後 Lsqkab によって NCS 間の並進，回転を求め，dm で溶媒領域平滑化，ヒ ストグラムマッチング，NCSアベレージングを行い，Refmac5 で構造を精 密化する．NCSref 前後での電子密度図を図1に示す．

   図 1: NCSref 前後の電子密度図の比較(左：前，右：後)

   
   この図から NCSref の結果のマップは，モデルバイアスがかなり小さい ことが分る．