MAD (SAD) data による位相決定からモデル構築まで
Solve, Resolve, XtalView (おまけ ARP/wARP)

渡邉信久

MAD法を含む重原子パラメタ決定ソフトとして，ここでは solve を使ってみる． 現在の最新バージョンは 2.02 である．Solve で重原子パラメタを決定して， resolve で位相を改良し，XtalView (xfit) で初期モデルを構築するまでを簡単 に紹介する．Resolve の 2.02 以降は，一次配列を与えておけば，自動的に電子 密度トレースを実行し，初期モデルを構築するところまでやってくれる．回折デー タに問題が無く，ある程度の分解能があったら，とりあえずやってみる価値はあ る．さらに，ARP/wARP も V.6.0 になって ccp4i に 乗ったので Resolve の作成した初期モデルをそのまま，それにつっこむことも 容易に可能だ． でも，Resolve も Refmac と連結して autobuild 出来るから，そっちの方がスマート？

図 1: Resolve の自動トレース結果を ARP/wARPに改良させた図．1.6A までのデータを使用．黄緑色の構造部分が Resolve でアサイン出来ず， ARP/wARP で free atom として拾われた原子．全く自動で炭素と酸素が区別 がつくマップにまでなってしまった．

なお，このメモは，どちらか というと，ログの詳細な情報を検討するより，さっさとマップを見てみる書き方 になっている．しかし，もちろん ログをちゃんと見ることは重要である(特にうまく行 かない時)．

なお，Solve，resolve の詳細なマニュアルは， http://www.solve.lanl.gov/にある．